中科院微生物研究所博士研究生招生专业目录反映了该所在微生物学领域的顶尖学术地位与研究实力。2022年公布的招生目录显示，研究所共开设6个一级学科博士点，包括微生物学（0813）、免疫学（0812）、生物化学与分子生物学（0814）、生物信息学（0815）、生物工程（0854）以及生物与医药（0860）专业学位，覆盖微生物基础研究、应用技术开发及产业化研究全链条。其中微生物学连续五年在教育部学科评估中位列A+，其下属的代谢工程国家重点实验室、合成生物学大科学装置等平台为博士生提供国家级科研平台支持。

招生方向设置呈现显著交叉融合特征：基础微生物学方向聚焦原核微生物系统发育、极端环境微生物生态等前沿领域，近三年承担国家重大研究计划项目23项；免疫微生物学方向整合免疫学与微生物组学，重点突破病原体-宿主互作机制，与301医院等医疗机构建立联合实验室；合成生物学方向构建了涵盖基因编辑（CRISPR-Cas）、代谢通路重构、细胞工厂开发的全套技术体系，2023年建成全球首套微生物合成生物学开源数据库（SynBioDB）。值得关注的是新增的"微生物资源与生物技术"交叉学科方向，该方向依托国家微生物资源库（CNMMB），整合基因组学、蛋白质组学及代谢组学技术，重点培养微生物资源开发与利用领域的复合型人才。

导师团队构成体现学术传承与创新并重原则，现有中国科学院院士3人、中国工程院院士2人，国家杰出青年科学基金获得者28人，形成"院士-杰青-优青"三级传帮带体系。以张亚磊院士领衔的微生物组精准医学团队，近五年在《Nature Microbiology》等期刊发表突破性成果17篇；李兰娟院士工作站联合培养的博士生在新冠疫情期间研发出全球首款基于重组腺病毒载体的新冠灭活疫苗，实现从实验室到产业化的快速转化。特别设置的"国际联合培养计划"与牛津大学、慕尼黑工业大学等12所国际顶尖机构建立双导师制，每年选派20%博士生参与海外科研训练。

培养模式采用"三段式"进阶体系：第一学年完成《分子微生物学前沿》《生物信息学计算方法》等核心课程，通过文献综述与开题答辩；第二学年进入国家重点实验室参与国家重大专项，需在《Cell》《Nature Communications》等期刊发表SCI论文1-2篇；第三学年开展技术转化或学位论文工作，优秀者推荐至国家科技奖评审委员会答辩。2022届毕业生中，35%进入全球TOP50高校继续深造，28%进入跨国药企担任研发主管，12%参与"一带一路"微生物资源联合研究项目。

申请考核实行"申请-考核"制，笔试科目包括微生物学综合（涵盖微生物分类学、生理学、遗传学、生态学四大模块）与专业英语（要求阅读《Microbiology and Molecular Biology Reviews》等顶刊论文）。2023年录取数据显示，报录比达6:1，其中生物信息学方向跨学科考生占比达42%，代谢工程方向与化工、材料专业交叉背景学生录取率提升至37%。建议考生提前3个月完成《微生物学实验技术手册》（第四版）的系统学习，并关注研究所官网发布的"前沿技术工作坊"培训计划。